53382 Tools of High Performance Computing / Suurteholaskennan työkalut

Contents

The objective of the course is to learn to use tools that are needed in programming tasks requiring large amounts of computing power. In the beginning of the course the students learn to use the most popular scientific programming language Fortran. The many tools for managing large programs provided by most Unix environments are introduced; e.g. debuggers and profiling tools. Later in the course students familiarize themselves with parallel computations by using the MPI message passing library. The course includes weekly excercises and a final assignment.

Requisite background information: The basics of programming. Knowledge of the Unix programming environment is advantageous but not necessary.

Sisältö

Kurssin tarkoituksena on perehdyttää opiskelija ohjelmointityökaluihin, joita tarvitaan massiivista laskentakapasiteettia tarvitsevien ongelmien ohjelmoinnissa. Kurssin alussa perehdytään tieteellisessä laskennassa edelleen tärkeään Fortran-kieleen ja monimutkaisten ohjelmapakettien perushallintatyökaluihin Unix-ympäristössä. Käymme läpi mm. debuggaus- sekä profilointiohjelmien käytön. Loppukurssin ajan tutustutaan rinnakkaisohjelmointiin MPI-kirjaston avulla. Kurssiin liittyy viikottaiset laskuharjoitukset sekä lopputyö.

Esitiedot: Ohjelmoinnin perusteet. Unixin ohjelmointityökalujen tuntemus on eduksi, mutta ei välttämätöntä.

Lecturer: University lecturer Antti Kuronen (email: Antti.Kuronenhelsinki.fi)

Lectures: Wed 12-14, room E205 (Physicum).
Exercises : Fri 12-14, room D112 (Physicum).
First lecture: 7.9.2011 at 12:15.
First exercise session: TBA.

The course will be given in English if necessary.

Literature: lecture notes.


Course material

  • Lecture notes
  • Exercises
  • Example programs
  • Cluster computer korundi on Kumpula campus

  • Background information on the course

  • CSC textbook on Fortran 95/2003 (in Finnish). Includes the example programs.
  • IBM Fortran compiler Language Reference Manual.
  • Michel Olagnon's Fortran 90 List
  • Newsgroup comp.lang.fortran
  • Mailing list comp-fortran-90
  • The Message Passing Interface (MPI) standard (including the MPICH implementation)
  • Another open source implementation of MPI: Open MPI
  • Programming shared memory computers: OpenMP
  • Online book on parallel computation: Parallel and Distributed Computation: Numerical Methods

  • General links elsewhere

  • Laskennallisen fysiikan erikoistumisvaihtoehto / Specialization alternative in Computational physics
  • Scientific computing 3

  • Last modified: Mon Sep 5 17:42:39 EEST 2011 Antti Kuronen